Una labor primordial es la desinfección del sustrato, herramientas, guantes y todo tipo de implementos que se esten utilizando en el cultivo, para evitar contaminar las plántulas con hongos y bacterias patógenos, que ocasionarían destrucción total del cultivo.
La desinfección inicialmente puede hacerse con agua a punto de ebullición, hipoclorito de sodio(diluido en agua) , yodo agricola.
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